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La germinación es afectada por muchos factores externos; sin embargo, la presencia de patógenos e insectos siempre es causante de muchas perdidas en almacigueras. Por esta razón es necesario realizar una desinfección del sitio donde se va a hacer la almaciguera, que ademas ayuda muchas veces a controlar semillas de malezas.
Hay varios modos de desinfectar o esterilizar suelos, siendo muy comun el uso de productos quimicos (como bromuro de metilo¦ un excelente esterilizador de suelo de tipo gaseoso, pero prohibido debido al daño que causa a la capa de ozono). Otras formas quimicas de esterilizar suelos son con productos como Dazomet, Metam sodio y otras formulaciones, pero no siempre tienen una acción total como esterilizantes. Otra forma es la vaporización de suelos, usando agua hirviendo para que produzca vapor y este es
inyectado al suelo a traves de agujas perforadas; sin embargo, este metodo es muy caro de implementar. Tambien se ha sugerido el uso de biofumigación, donde el guano de pollo o de cabra son los mas usados en conjunto con materiales vegetales de la familia brassicaceae, como brócoli, coliflor o repollos; o simplemente sembrar mostaza e incorporarla cuando esta en floración y aparición de primeros frutos, cubriendo el suelo con laminas plasticas para favorecer la temperatura y evitan el escape de gas fumigante generado por el material vegetal.
Un metodo simple y menos costoso es la solarización de suelos, la cual consiste en cubrir el suelo previamente suelto con una lamina de plastico trasparente y no muy gruesa, el suelo se humedece bastante antes de cubrir, luego se sella bien por todos los lados, de manera que no se escape el vapor de agua generado por el calentamiento a traves del plastico. La temperatura del suelo puede alcanzar hasta 60°C en los primeros l0 cm, pero esta depende de la temperatura ambiental. La solarización alcanza temperaturas mayores a 40°C hasta los 30 a 35 cm de profundidad. Se debe mantener sellado el suelo a lo menos por 4 semanas, pero 6 semanas es lo ideal para realizar un buen trabajo de esterilización de suelo. Este proceso elimina nematodos, hongos, insectos y malezas de semilla, aunque tambien elimina las malezas que provienen de multiplicación vegetativa.