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Una vez establecido la almaciguera, es conveniente protegerla de las condiciones climaticas imperantes en la zona, como heladas, lluvias y viento. Las formas de proteger son variadas y los materiales pueden pasar por varios elementos, como ramas con hojas de arboles, coberturas plasticas, etc.
La protección contra la lluvia es fundamentalmente debido al repique de las gotas de agua, que provocan el desentierro de las semillas y las plantulas emergidas, dañando a las plantas por impacto y/o lavado de la superficie del semillero. Sin embargo, en epocas mas secas la cobertura tambien protege de la evaporación excesiva de agua a causa del sol, manteniendo un ambiente humedo dentro del tunel.
Tambien ayudan a mantener una temperatura y humedad uniformes durante el dia, lo que favorece la germinación y emergencia de las plantulas.